A különbség a szilícium tömb kezelésén múlik. A monokristályos napelem esetében egyetlen tömbként szilárdul meg a szilícium. Ezt több cellára osztják, de a szilícium egy darab tömböt alkot.
A polikristályos napelem esetében a szilícium több tömbként dermed meg, amit szeletekre vágnak és ónszalaggal forrasztanak.
Ez a leglényegesebb különbség az eljárás módja szerint különbözteti meg a kristályos napelemeket. Emiatt a hatásfoka, a teljesítménye és még néhány jelentős tulajdonságuk is különbözik.
A dőlésszögre és a tájolásra kevésbé érzékeny a polikristályos, viszont a monokristályos fajlagosan kisebb helyigényű. A polikristályos a gyártási eljárásnak köszönhetően több felhasználási lehetőséget nyújt pl. a hajlékonysága miatt.