Bár mindkettő a nap hőjét hasznosítja, mégis jelentős különbség van a két technológia között. A napelem elektromos áramot állít elő, a napkollektor pedig folyadékot melegít fel, amit fűtésre lehet hasznosítani.
A napelemnek vissza kell töltenie az energiát a hálózatba, mert tárolni csak abban az esetben érdemes, amikor nem áll rendelkezésre a közelben elektromos hálózat. Ebben az esetben beszélünk sziget üzemű napelemes rendszerről. Minden más esetben a napelem által termelt elektromos áramot azonnal fel kell használni vagy visszatölteni a hálózatba.
A napkollektor felmelegíti a folyadékot és azt az energiát később is hasznosítani lehet. Azonban mindenképp számításba kell venni a 2-3 évente esedékes karbantartást. Ellenőrizni kell a folyadék PH értékét, beállítani a nyomást, tehát karbantartani a rendszert. Erre a napelem esetében nincs szükség, legfeljebb időnként letisztítani.
A napelem felhasználása szélesebb körű, hiszen az elektromos energiával többféle eszközt is lehet működtetni. A napkollektor által felmelegített vizet csak fűtésre, fürdésre és főzésre lehet használni.